La historia se desarrolla a partir del año 2008 en adelante, cuando un escuadrón llamado Halcones Peregrinos (Peregrin Falcons) debe frustrar los intentos de golpe de estado que pretende el General Morden, líder del Ejército Rebelde y principal antagonista de la serie.
La franquicia presenta también una antología de los siete primeros juegos principales de la serie (incluyendo Metal Slug X) disponible para wii, PlayStation Portable, y otras consolas. En 2009 los tres primeros juegos fueron oficialmente portados para Windows.
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